8月31日，CBA国内球员注册截止。新疆队未能将周琦列入新赛季的注册名单中，这使他失去了参赛资格。
今年休赛期，关于周琦和新疆队之间的续约问题产生了争议。他向CBA公司以及中国篮协提出调解申请，以恢复自由球员身份，但这些请求均未获批准。
6月25日，新疆队曾向周琦提供了一份600万元年薪的顶薪合同，然而却迟迟未能得到回复。双方在沟通上始终没有达成一致。最终，在8月29日，周琦通过个人社交媒体宣布退出新赛季CBA比赛，以保护自身权益。
随着注册截止日期的到来，对于周琦来说，唯一的希望是赛季中期还有一个可能转会的窗口期。然而，这个窗口期仅适用于已注册球员和自由球员。目前，周琦的身份不符合这些要求，是否能够成为自由球员仍有待进一步认定。
2020-2021赛季，周琦在新疆队出场44次，平均每场比赛出战32.7分钟，并贡献了20.7分、11.9个篮板、2.7次助攻和2.3次盖帽，是球队不可或缺的内线核心。
